อาณาจักรย่อยอาร์เคียแบคทีเรีย (Archaebacteria)

เป็นแบคทีเรียที่ผนังเซลล์ไม่มีสารเพปทิโด ไกลแคน สามารถดำรงชีวิตในสภาพแวดล้อมที่สิ่งมีชีวิตกลุ่มอื่นอาจไม่สามารถดำรงอยู่ได้แบ่งเป็น 2 กลุ่ม ได้แก่

1.1) กลุ่มยูริอาร์เคียโอตา (Euryarchaeota)

1.2) กลุ่มคีย์นาเคียโอตา (Crenarchaeota)

อาณาจักรย่อยยูแบคทีเรีย (Eubacteria)

เป็นแบคทีเรียที่สามารถพบได้ทั้งในดิน น้ำ อากาศ อาหาร นม และมีกระบวนการเมแทบอลิซึม แบ่งเป็นกลุ่มใหญ่ๆ ดังนี้

2.1) กลุ่มโพรทีโอแบคทีเรีย (Proteobacteria)

2.2) กลุ่มคลาไมเดีย (Chlamydias)

2.3) กลุ่มสไปโรคีท (Spirochetes)

2.4) แบคทีเรียแกรมบวก (Gram-Positive Bacteria)

2.5) ไซยาโนแบคทีเรีย (Cyanobacteria)